Wie schon am Freitag und Samstag war Casey Stoner auch am frühen Sonntagabend in Katar eine Klasse für sich. Der Australier fuhr im Warm-up eine 1:55.530 und lag damit klar vor dem Rest des Feldes. Dem Australier am nächsten kam wieder einmal Valentino Rossi, wobei der Italiener diesmal rund viereinhalb Zehntelsekunden auf den Ducati-Piloten an der Spitze verloren hatte. Rang drei holte wie schon im Qualifying Jorge Lorenzo, dem Spanier fehlten rund achteinhalb Zehntelsekunden auf Stoner.

Über den vierten Rang konnte sich im Warm-up Nicky Hayden freuen, zwischen ihm und seinem Teamkollegen Stoner lag allerdings eine Sekunde, also doch einiges. Mit Ben Spies und Randy de Puniet kamen die zwei schnellsten Privatiers auf die Positionen fünf und sechs, erst dahinter konnte Andrea Dovizioso die schnellste Werkshonda auf Rang sieben fahren. Direkt hinter dem Italiener folgte sein Teamkollege Dani Pedrosa. Colin Edwards und Loris Capirossi schlossen die Top Ten ab.

Ein recht ruppiges Warm-up erlebten Alvaro Bautista und Mika Kallio. Kallio verpasste etwa acht Minuten vor Schluss einen Bremspunkt und musste geradeaus in den Kies. Dort konnte er einen Sturz verhindern und die Maschine noch vor der Absperrung bremsen, bevor sie ihm dann doch umkippte und ausging. Der Finne musste das Motorrad abstellen. Bautista kam nur kurz darauf zu Sturz, blieb aber unverletzt. Dank ihrer Probleme landeten die Beiden am Ende des Feldes, vor ihnen lagen in ansteigender Reihenfolge noch: Hector Barbera, Aleix Espargaro, Marco Melandri, Hiroshi Aoyama und Marco Simoncelli.