So viel Qualifying-Action wie in Motegi am Samstag hat es in der MotoGP bislang selten gegeben. Die Fahrer und Teams kramten einen Qualifyier nach dem anderen aus ihrer Reifenauswahl, Fahrer wie Randy de Puniet hatten beispielsweise vier superweiche Reifen dabei. Deswegen gab es beinahe eine halbe Stunde pure Zeitenjagd aus der am Ende schließlich Jorge Lorenzo als Polesetter hervorging. Der Spanier hatte eine Zeit von 1:45.543 gefahren und damit einen neuen Pole-Rekord aufgestellt. Die letzten Trainingsminuten erlebte Casey Stoner nur passiv, der Australier war aber nicht gestürzt, sondern mit seinen Reifen bereits durch. Zu Startplatz zwei, rund drei Zehntel hinter Lorenzo, reichte es trotzdem.

Die dritte und letzte Position in Reihe eins ging an Nicky Hayden, der sich im letzten Abdruck noch an Valentino Rossi vorbeischob. Rossi seinerseits schien am Ende Pech zu haben. Als Alex de Angelis in den letzten Sekunden in der Zielkurve stürzte, war Rossi einer derjenigen, die ausweichen mussten. De Angelis blieb bei seinem Sturz unverletzt, kam über Rang 18 aber nicht hinaus. Neben Rossi werden Dani Pedrosa und Loris Capirossi aus Reihe zwei ins Rennen gehen.

Auch noch in den Top Ten des Qualifyings zu finden waren Colin Edwards, de Puniet, Shinya Nakano und James Toseland. Damit war das Reifenduell unentschieden ausgegangen, wobei nur ein Michelin-Fahrer jenseits der Top Ten platziert war. Der trug den Namen Andrea Dovizioso und war hinter John Hopkins und Chris Vermeulen auf Rang 13 gefahren. Die letzten Positionen gehörten den drei Ducatis von Toni Elias, Sylvain Guintoli und Marco Melandri, sowie Anthony West, de Angelis und Kousuke Akiyoshi.