Wie nicht anders zu erwarten wurde das Starterfeld der 125er-Klasse dank bestem Wetter im zweiten Qualifying in Motegi noch einmal ein wenig durchgeschüttelt - das erste Zeittraining hatte schließlich auf abtrocknender Strecke stattgefunden. Die Pole Position ging schließlich an WM-Leader Mike di Meglio und das mit fast vier Zehnteln Vorsprung sogar einigermaßen deutlich. Für den Franzosen war das die erste Pole seiner Grand-Prix-Laufbahn. Platz zwei konnte Stefan Bradl nach Hause fahren, der am Freitag noch mit Rang neun hatte Vorlieb nehmen müssen. In Reihe eins wird am Sonntag auch noch ein zweiter Deutscher stehen. Hinter Nico Terol wurde Sandro Cortese Vierter.

Im Vergleich zu den Trainings zulegen konnte Gabor Talmacsi. Der Ungar ist mit angeschlagenem Handgelenk unterwegs, schaffte es aber dennoch auf Startplatz fünf. Mit dem Weltmeister in Reihe zwei wird unter anderem auch Dominique Aegerter stehen, der sich den siebten Qualifikationsrang sicherte. Vor ihm war noch Scott Redding auf sechs gefahren, direkt hinter ihm holte sich Pol Espargaro Rang acht und damit den letzten Platz in Reihe zwei. Die dritte Reihe wird von Andrea Iannone, Sergio Gadea, KTM-Pilot Tomoyoshi Koyama und Joan Olive gefüllt.

Pech hatte der Brite Bradley Smith. Nach der Bestzeit im Morgentraining kam er in der entscheidenden Phase des Qualifyings zu Sturz und landete schließlich nur auf Rang 14. Noch schlechter lief es bei Michael Ranseder. Der Österreicher verlor im Vergleich zum Freitag sogar noch Plätze und wird als 24. ins Rennen gehen. Direkt hinter ihm wird Robin Lässer starten. Jonas Folger musste sich mit Rang 31 zufrieden geben.