Das 250er-Training am Samstagmorgen in Motegi brachte das Versprechen mit sich, dass es im Qualifying am Nachmittag durchaus eng werden könnte. Die ersten Sechs waren durch keine drei Zehntelsekunden getrennt und zwischen den ersten Elf lag keine Sekunde. Ganz vorne in diesem dichten Pulk lag Marco Simoncelli. Er hatte allerdings gerade einmal 38 Tausendstelsekunden Vorsprung auf Hiroshi Aoyama. Dessen KTM-Markenkollege Julian Simon war mit rund einem Zehntel Rückstand Dritter.

Auch Mika Kallio konnte sich diesmal weiter vorne zeigen. Hinter Alvaro Bautista schaffte der Finne Rang fünf und lag dort auch nur eineinhalb Zehntel hinter der Bestzeit. Hector Barbera, Aleix Espgargaro, Alex Debon, Hector Faubel und Yuki Takahashi rundeten die Top Ten ab. Auf Rang elf hatte sich Mattia Pasini gefahren.