Wie üblich war es ein enges Rennen in der 125er-Klasse und in Motegi mischte dabei auch Stefan Bradl wieder mitten in der Spitze mit. In einer Gruppe mit WM-Spitzenreiter Mike di Meglio und Weltmeister Gabor Talmacsi kämpfte der Deutsche verbissen um den Sieg und konnte sich am Ende dank einer reifen Fahrt in den letzten Runden gegen die Routiniers durchsetzen. Der Deutsche konnte damit seinen zweiten Grand-Prix-Sieg feiern. Dahinter baute di Meglio als Zweiter seine WM-Führung aus und Gabor Talmacsi wurde zwar Dritter, kann die Weltmeisterschaft nun aber wohl fast endgültig abhaken.

Hinter den Top Drei, die wie immer um jeden Zentimeter gekämpft hatten, konnte sich Joan Olive den vierten Platz sichern. Der Spanier hatte Nico Terol, Sandro Cortese und Simone Corsi hinter sich gelassen. Cortese konnte als Sechster aber wieder einmal einen Spitzenplatz nach Hause fahren. Die Top Ten vervollständigten Scott Redding, Sergio Gadea und Danny Webb. Pech hatte KTM-Pilot Jonas Folger, der als 16. einen Punkterang lediglich um 32 Tausendstel verfehlte.

Allerdings blieb ihm ein Sturz oder Ausfall erspart. Bereits in Runde eins hatte es Pol Espargaro, Dominique Aegerter und Marc Marquez erwischt. Aegerter konnte danach wieder aufsteigen und als 19. ins Ziel fahren. Ende Runde eins erwischte es Andrea Iannone, Esteve Rabat und Hugo van den Berg, womit das Feld bereits um einige potentielle Top Ten Fahrer ärmer war. In weiterer Folge fielen noch noch Jules Cluzel, Robert Muresan, Bastien Chesaux und auch Bradley Smith aus, der bis dahin im Kampf um Rang vier dabei gewesen war. Michael Ranseder musste sein Rennen an den Boxen beenden.

Damit gingen die letzten Punkteränge an Tomoyoshi Koyama, Raffaele de Rosa, Takaaki Nakagami, Efren Vazquez und Alexis Masbou. Robin Lässer kam als 23. ins Ziel. In der Weltmeisterschaft führt Mike di Meglio nun mit 36 Punkten vor Simone Corsi, dem sein siebter Platz nicht unbedingt geholfen hat. Stefan Bradl liegt weitere neun Punkte dahinter auf Rang drei. Der Deutsche hat damit Gabor Talmacsi wieder überholt, der zwei Zähler hinter dem Kiefer Racing Piloten auf WM-Rang vier liegt.