Wie schon bei den 125ern war es im ersten Training der MotoGP in Motegi am Freitagmorgen feucht auf der Strecke. Diese Bedingungen nutzte Nicky Hayden, um in 1:59.773 die beste Zeit der Session einzufahren. Der Amerikaner war damit rund eine Zehntel schneller als Valentino Rossi und Casey Stoner verlor als Dritter bereits mehr als acht Zehntel. Als Letzter schaffte es noch Jorge Lorenzo, den Rückstand zu Hayden unter einer Sekunde zu halten. Das brachte dem Spanier Rang vier.

Ebenfalls noch in die Top Ten geschafft hatten es Sylvain Guintoli, Shinya Nakano, Toni Elias, Anthony West, Andrea Dovizioso und Chris Vermeulen. Dank der schwierigen Bedingungen gab es einige Ausflüge neben die Strecke. Zwei Fahrer mussten dabei auch den Sattel ihrer Maschinen verlassen. Aber weder Alex de Angelis - am Ende Elfter - oder Kousuke Akiyoshi - Rang 15 - kamen dabei zu schaden. Die größten Probleme bei den Bedingungen hatten Dani Pedrosa und James Toseland, die abgeschlagen am Ende des Feldes lagen. Pedrosa kämpfte dabei anscheinend mit der Umstellung auf die Bridgestones, Toseland mit dem Kennenlernen der neuen Strecke.