Die besser werdenden Bedingungen machten es am Freitagmorgen möglich, dass die 250er-Klasse der MotoGP in Motegi um mehr als drei Sekunden davon fuhr. Ungeachtet dieses kleinen Kuriosums ging es recht gesittet zu. Alex Debon holte in 1:56.100 die Bestzeit und ihm folgte mit vier Zehntelsekunden Rückstand Yuki Takahashi auf Rang zwei. WM-Anwärter Mika Kallio verlor weitere fünf Zehntel, was ihn auf Rang drei brachte.

Ebenfalls noch in den Top Sechs zu finden waren Julian Simon, Alex Baldolini und Hiroshi Aoyama, womit KTM zu Beginn gleich einmal alle drei Maschinen vorne platzieren konnte. Die Top Ten wurden durch Roberto Locatelli, Hector Faubel, Hector Barbera und Alvaro Bautista komplettiert. WM-Spitzenreiter Marco Simoncelli musste sich zum Auftakt mit Rang elf begnügen.