Nachdem es schon am Vormittag nicht einfach gewesen war, präsentierten sich die Bedingungen zum ersten Qualifying der 125er-Klasse in Motegi auch nicht unbedingt als die besten - es war aber trockener. Dementsprechend langsam und weit entfernt von den Rekorden waren die Rundenzeiten. Am Ende hatte schließlich Joan Olive in 2:02.296 die Nase vorne und konnte sich damit die provisorische Pole Position sichern. Wenn das Wetter am Samstag allerdings nur einigermaßen trocken sein sollte, dürfte diese Zeit keinen Bestand haben, liegt der Pole-Rekord doch fünf Sekunden darunter.

Der vorläufige zweite Startplatz ging an Bradley Smith, der eine Zehntel verloren hatte. Mike di Meglio und Überraschungsmann Dominique Aegerter komplettierten die provisorische erste Reihe. Die nächsten deutschsprachigen Fahrer waren nicht allzu weit hinter dem Schweizer zu finden. Sandro Cortese teilt sich als Achter mit Pol Espargaro, Nico Terol und Gabor Talmacsi Reihe zwei. Stefan Bradl steht als Neunter vorerst zusammen mit Andrea Iannone, Raffaele de Rosa und Esteve Rabat in Reihe drei.

Weniger gut verlief das Zeittraining für die übrigen Fahrer aus deutschsprachigen Landen. Nach einem guten Auftritt im ersten Training musste Michael Ranseder im Qualifying mit Position 22 Vorlieb nehmen. Einen Platz hinter dem Österreicher hatte sich Jonas Folger eingereiht. Robin Lässer hatte wie schon am Morgen ein paar Schwierigkeiten und kam über Position 32 nicht hinaus.