Es dauerte im MotoGP-Qualifying von Laguna Seca ungefähr fünf Runden bis klar war, wer am Ende die Pole Position holen würde. Denn in etwa so lange hatte Casey Stoner gebraucht, um seine gewohnte Pace zu finden und dem Rest des Feldes auf und davon zu fahren. Etwas mehr als zehn Minuten nach Trainingsbeginn war Stoner dann unter seiner bisherigen Bestzeit des Wochenendes angekommen, die bereits weit unter dem bestehenden Pole-Rekord gelegen war. Diese Marke verbesserte der Australier später dann noch, als er die Qualifyier aufzog. Als erster Fahrer auf zwei Rädern blieb der Australier unter 1:21 Minuten und ließ den Rest damit stehen. Es war ein Start-Ziel-Sieg, denn außer in den ersten zwei Minuten war keiner schneller als er und da ging es nur darum, wer als Erster aus der Box gefahren war.

Hinter dem regierenden Weltmeister ging es ein wenig enger zu. Denn dort waren die Fahrer vom Niveau her doch beinahe gleich stark, wobei Michelin aufgrund seiner starken Qualifyier etwas besser mitmischen konnte als in den bisherigen Sessions. Zwar kam Valentino Rossi mit seinen Bridgestones auf Platz zwei - und war mit etwas mehr als vier Zehnteln Rückstand noch recht nahe an Stoner dran -, doch dahinter trafen sich die Michelin-Fahrer. Nicky Hayden wird sein Heimrennen als Dritter aus der ersten Reihe starten dürfen, Jorge Lorenzo wurde Vierter und es folgten James Toseland, Randy de Puniet und Colin Edwards. Damit hatte Michelin seine Qualifying-Stärke wieder unter Beweis gestellt.

An Stoners Zeit waren aber alle grandios gescheitert. Hayden lag rund sieben Zehntelsekunden hinter Stoner, Lorenzo rund neun Zehntel und hinter dem Spanier verloren alle weiteren Fahrer mehr als eine Sekunde. Andererseits befanden sich zwischen Toseland auf Platz fünf und Ben Spies auf Rang 13 lediglich drei Zehntel, dort entschied also jede Nuance über einen guten oder schlechten Startplatz. Im Mittelfeld dieses Pulks hatten sich Chris Vermeulen, Andrea Dovizioso und Toni Elias auf die Positionen acht bis zehn gefahren. Elias war einer der Sturzpiloten des Qualifyings, kam aber ohne Verletzung davon.

Weniger Glück schien Alex de Angelis gehabt zu haben, den es in Kurve zehn mit einem Highsider erwischte. Der Gresini Honda Pilot hielt sich danach sein linkes Handgelenk und hatte Schmerzen. Auf einem Qualfyier konnte er nicht mehr ausrücken und wurde deswegen 16. Auch Shinya Nakano und Jamie Hacking landeten im Kies. Sie kamen glimpflicher davon und erreichten die Ränge zwölf und 17. Platz elf ging an Loris Capirossi, die Positionen 14 und 15 an Sylvain Guintoli und Marco Melandri. Melandri konnte damit nicht an die guten Ergebnisse des Morgentrainings anschließen. Am Ende des Feldes fand sich Anthony West. Dani Pedrosa war nicht dabei. Er hatte sich am Samstagmorgen entschlossen, das Rennen in Laguna Seca aufgrund seiner Verletzungen vom Sachsenring auszulassen.