Wie eigentlich nicht anders zu erwarten, fuhr Casey Stoner bei nach wie vor nassen Bedingungen im Warm-up von Assen eine souveräne Bestzeit. Allerdings war er dabei nicht so dominant, wie das davor zu erwarten gewesen wäre. Denn Nicky Hayden kam immerhin bis auf drei Zehntel an den Australier heran. Dahinter waren die Abstände allerdings etwas größer. Valentino Rossi fehlten als Drittem bereits knapp sieben Zehntel und Chris Vermeulen verlor als Vierter rund neun Zehntelsekunden. Ähnlich schnell wie der Australier waren auch noch Jorge Lorenzo und Dani Pedrosa gewesen.

Eine kleine Regen-Auferstehung durfte Marco Melandri als Siebter feiern. Er hatte das bisherige Wochenende - und auch die Rennen davor - eigentlich nur Probleme gehabt und dürfte über dieses Ergebnis äußerst erfreut sein. Shinya Nakano, James Toseland und Randy de Puniet kamen auch noch in die Top Ten. De Puniet fuhr allerdings nur sechs Runden, da er seine Session im Matsch neben der Strecke beendete. Andrea Dovizioso, Alex de Angelis und Colin Edwards nahmen die Positionen elf bis 13 ein und das Ende des Feldes gehörte wieder Anthony West, Sylvain Guintoli und Toni Elias. Vor allem West und Guintoli überraschten dabei negativ. Guintoli hatte sich bislang das ganze Wochenende gut gefühlt und West ist Regen-Spezialist.