Das letzte MotoGP Training in Estoril, bevor es am Samstagnachmittag ins Qualifying geht, konnte Colin Edwards als Schnellster beenden. Da es aufgrund von Problemen bei der Streckenreinigung schon bei den 125ern verspätet losging, musste der Texaner allerdings 25 Minuten länger warten als gedacht. Dicht in Edwards' Nacken saß Jorge Lorenzo. Sieben Hundertstel fehlten dem Spanier auf seinen Markenkollegen an der Spitze. Nicky Hayden sorgte als Dritter für eine kleine Abwechslung, war er doch die schnellste Nicht-Yamaha, direkt vor Valentino Rossi.

Rossi war seinerseits als Bridgestone-Fahrer alleine auf weiter Flur, denn erst John Hopkins als Neunter war der nächste Pilot auf japanischen Reifen. Direkt hinter Rossi reihte sich Dani Pedrosa ein, der etwas mehr als vier Zehntel auf Edwards verlor. Schon sieben Zehntel zurück, aber auf Platz sechs, lag James Toseland, der zeigen konnte, dass er die Strecke am Freitag bereits einigermaßen gelernt hat. Andrea Dovizioso und Randy de Puniet erreichten die Positionen acht und neun.

Wieder mit Problemen zu kämpfen hatte Casey Stoner. Hinter seinem Landsmann Chris Vermeulen schaffte er lediglich die elftbeste Zeit des Vormittags, 1,1 Sekunden langsamer als Edwards. Shinya Nakano, Loris Capirossi und Alex de Angelis folgten ihm. Am Ende des Feldes befand sich wieder das Vierer-Paket der Setup-Suchenden. Anthony West, Sylvain Guintoli, Toni Elias und Marco Melandri konnten auch am Samstagmorgen nicht auf die Konkurrenz aufschließen.