Dani Pedrosa setzte am Samstagmorgen in Sepang dort fort, wo er am Freitagnachmittag aufgehört hatte. Der Spanier fuhr in 2:01.769 Minuten die nächste Bestzeit, wobei er damit sogar langsamer war als noch am Vortag. Der Spanier lag damit allerdings nicht mehr so weit vor dem Rest des Feldes wie zuvor. Marco Simoncelli hatte als Zweiter gerade einmal 0,265 Sekunden Rückstand, Andrea Dovizioso war als Dritter 0,312 Sekunden zurück.

Statt Zweiter nur noch Vierter war Casey Stoner am Samstagmorgen, sein Rückstand betrug genau vier Zehntelsekunden. Anhand der ersten Vier ist aber zu erkennen, dass sich an der Honda-Dominanz nichts geändert hatte, wieder einmal lagen die vier Werksmaschinen des Herstellers auf den ersten vier Positionen. Erster Verfolger war diesmal allerdings die Ducati-Werksmannschaft. Nicky Hayden fehlten nur 0,480 Sekunden auf die Bestzeit und Valentino Rossi konnte im Vergleich zu Freitag auch stark zulegen. Statt mehr als zwei Sekunden Rückstand hatte er nur 0,845 Sekunden verloren.

Das brachte ihn hinter Alvaro Bautista und Colin Edwards auf Platz acht. Den Rest der Top-10 füllten Hiroshi Aoyama und Loris Capirossi aus. Dahinter folgten Randy de Puniet, Cal Crutchlow und der noch unter seiner Schlüsselbeinverletzung leidende Hector Barbera. Einen harten Morgen erlebte Ben Spies. Der Texaner kämpfte immer noch mit den Nachwirkungen von seinem Sturz von Phillip Island und kam am Samstagmorgen wieder zu Fall. Danach ließ er es ruhig angehen und beendete die Session auf Platz 14. Toni Elias, Karel Abraham und Jorge Lorenzos Ersatzfahrer Katsuyuki Nakasuga bildeten das Ende des Feldes.