Das Warm-Up in Brünn entschied Dani Pedrosa für sich. Mit einer Zeit von 1:56.675 Minuten war der kleine Spanier 0,699 Sekunden schneller als sein Landsmann Jorge Lorenzo. Lorenzos Teamkollege kam mit sich und seiner Maschine immer besser zurecht und reihte sich auf dem dritten Platz ein. Marco Simoncelli kam mit seiner Honda auf den vierten Platz. Casey Stoner kämpfte scheinbar noch immer mit seiner Honda, denn er war schon 0,909 Sekunden hinter seinem Teamkollegen zurück. Dennoch reichte es trotzdem für den fünften Platz.

Andrea Dovizioso war erneut der letzte der Repsol-Honda-Armada. Er kam mit einem Rückstand von 1,128 Sekunden auf den sechsten Platz. Beste Nicht-Honda und Nicht-Yamaha war Alvaro Bautista. Der Suzuki-Pilot schob sich auf die siebente Position. Cal Crutchlow kam auf den achten Platz vor Nicky Hayden, der die beste Ducati pilotierte, und seinem Teamkollegen Colin Edwards. Valentino Rossi erreichte nicht die Platzierung vom Vortag und wurde Elfter.