Statt Mischbedingungen wie die 125er oder die Moto2 durfte sich die MotoGP in ihrem zweiten Training am Freitagnachmittag in Aragon mit reinem Schlechtwetter herumschlagen. Die nassen Bedingungen nutzte Casey Stoner dazu, um der Konkurrenz in 2:01.710 Minuten eine deutliche Bestzeit vorzulegen. Keiner der Konkurrenten konnte damit auch nur annähernd mithalten.

Jorge Lorenzo, der bis zu Stoners letzter Runde an der Spitze gelegen war, hatte bereits 0,568 Sekunden Rückstand. Platz drei konnte sich Stoners Ducati-Teamkollege Nicky Hayden sichern, der Amerikaner verlor rund sieben Zehntelsekunden auf die Bestzeit.

Valentino Rossi hatte als Vierter bereits 1,168 Sekunden Rückstand auf die Spitze, konnte sich gegen Ende der Session aber noch stark steigern. Marco Melandri war rund 1,4 Sekunden hinter Stoner der letzte Fahrer, der weniger als zwei Sekunden auf den Australier verloren hatte. Hinter dem Italiener folgten noch Andrea Dovizioso, Randy de Puniet, Ben Spies, Hector Barbera und Marco Simoncelli in den Top Ten.

Nicht die schnellsten Regenzeiten fuhren Colin Edwards, Alvaro Bautista, Dani Pedrosa, Mika Kallio, Aleix Espargaro und Hiroshi Aoyama. Da die Strecke am Ende der Session aber um einiges besser war als zu Beginn, war es auch eine Frage des Timings, wenn man sich weiter vorne zeigen wollte.