Das Qualifying der 250er-Klasse in Jerez war eine knappe Angelegenheit. Am Ende gaben vier Hundertstel den Ausschlag zwischen Pole Position und Startplatz zwei. Das bessere Ende für sich hatte Lokalmatador Alvaro Bautista, der um diesen hauchdünnen Abstand KTM-Pilot Mika Kallio hinter sich ließ. Der Finne war einer der wenigen, der seine Zeit vom Freitag nicht verbessern konnte, obwohl er auf einigen Runden gute Zwischenzeiten hatte.

Mit einem Schock endete das Qualifying für den Drittplatzierten. Alex Debon schien auf seiner Maschine plötzlich Schmerzen zu haben, musste absteigen und sich neben die Strecke setzen. Was ihm genau passiert ist, werden erst genauere Untersuchungen zeigen, sein Start am Sonntag ist allerdings fraglich. Als vierter Fahrer für die erste Reihe qualifiziert ist Thomas Lüthi, der sein Vorhaben vom Freitag wahr gemacht hat. Der Schweizer fuhr sogar eine bequeme 1:43er-Zeit.

Hinter der ersten Reihe stehen die KTMs von Julian Simon und Hiroshi Aoyama, die beide nur um wenige Hundertstel an Lüthis Zeit gescheitert waren. Hector Barbera und Roberto Locatelli fuhren sich auch noch in Reihe zwei. Hinter Marco Simoncelli holte sich Katar-Sieger Mattia Pasini Startplatz zehn.