Es war zwar das große Comeback-Qualifying von Casey Stoner, doch die Konkurrenz teilte deswegen am Samstag in Estoril keine Geschenke aus. Immerhin fahren Jorge Lorenzo und Valentino Rossi noch um die WM und Dani Pedrosa will seinen dritten WM-Rang gegen Stoner verteidigen. Dankenswerterweise spielte das Wetter wieder mit und einer ordentlichen Zeitenjagd stand nichts im Wege. Und dabei zeigte Lorenzo, dass er es Rossi in den restlichen vier Saisonrennen noch schwer machen wird. Mit einer Zeit von 1:36.214 holte er sich die Pole Position für den Portugal Grand Prix und wird den 25 Punkten am Sonntag damit zunächst ein paar Meter näher sein als die Konkurrenz.

Dem Spanier aber direkt im Nacken wird Rossi sitzen, der mit rund zweieinhalb Zehntelsekunden Rückstand auf den zweiten Startplatz gefahren war. Der zurückkehrende Stoner konnte sich in seinem ersten Qualifying seit mehreren Monaten gleich wieder in die erste Reihe fahren. Der Australier wurde Dritter und verlor lediglich knapp mehr als drei Zehntelsekunden auf die Bestzeit.

Die zweite Reihe führt Pedrosa an, der gleich einmal merken darf, dass es mit den Podestbesuchen schwieriger werden dürfte, jetzt da Stoner wieder da ist. Colin Edwards und Randy de Puniet waren die stärksten Satelliten-Fahrer und durften sich über die Startpositionen fünf und sechs freuen. Den Rest der Top Ten besetzten eine Suzuki, eine Honda und zwei weitere Ducatis. Loris Capirossi, Andrea Dovizioso, Nicky Hayden und Mika Kallio waren auf den Positionen sieben bis zehn gelandet.

Zusammen mit Kallio in der vierten Reihe starten werden Alex de Angelis und James Toseland. Toni Elias, Niccolo Canepa und Chris Vermeulen schlossen die Top 15 ab. Bei Marco Melandri machte sich bemerkbar, dass er und das Team immer noch nicht die perfekten Einstellungen für das neue Setup an der Hayate/Kawasaki gefunden hatten. Er wurde 16. Das Ende des Feldes bildete wie fast schon traditionell Gabor Talmacsi. 3,1 Sekunden fehlten ihm auf die Spitze, rund acht Zehntel verlor er auf Melandri.