Am Ende des zweiten MotoGP-Trainings in Assen stand eine klare Bestzeit von Jorge Lorenzo. Der Spanier hatte mit einem weichen Hinterreifen eine Zeit von 1:36.756 in den Asphalt gebrannt, womit er rund 1,1 Sekunden schneller war als die Bestzeit vom Donnerstag. Vier Zehntelsekunden Vorsprung brachte ihm diese Runde vor dem Zweitplatzierten Casey Stoner ein. Sein gutes Gefühl mit dem neuen Chassis bestätigen konnte Andrea Dovizioso, der mit rund einer halben Sekunde Rückstand Dritter wurde. Bereits sieben Zehntelsekunden Rückstand hatte Valentino Rossi auf seinen Teamkollegen. Das brachte ihm Platz vier.

Der letzte Fahrer, der innerhalb von einer Sekunde an Lorenzos Zeit dran war, fuhr ebenfalls eine Yamaha. Colin Edwards bestätigte seinen soliden Auftritt vom Donnerstag mit einer Steigerung am Freitagmorgen und dem damit verbundenen fünften Rang. Positive Signale gab es von Nicky Hayden, der hinter Dani Pedrosa auf Position sieben landete. Zwar verlor er rund 1,1 Sekunden auf Lorenzo, auf Stoner fehlten ihm aber nur rund sechs Zehntel. James Toseland, Alex de Angelis und Loris Capirossi rundeten die Top Ten ab.

Erst dahinter fand sich der Schnellste des Donnerstags. Randy de Puniet war hinter Chris Vermeulen auf Position zwölf gelandet, sechs Zehntelsekunden war er langsamer gewesen als noch am Donnerstag - am Ende des Trainings war er allerdings auch leicht gestürzt. Toni Elias, Mika Kallio und Marco Melandri kamen noch in die Top 15. Die letzten Plätze belegten Niccolo Canepa, Sete Gibernau, Yuki Takahashi und Gabor Talmacsi, der auf seinen Teamkollegen direkt vor sich knapp eine halbe Sekunde verlor.