Wirklich angenehm waren die Streckenbedingungen in Estoril zum ersten Training der MotoGP nicht. Es war nach wie vor feucht und mit zwölf Grad auch unangenehm kühl. Casey Stoner ließ sich davon nicht beirren und jagte seine Maschine am Ende der Session mit Bestzeit um die Runde. 1:47.900 Minuten hatte er gebraucht, rund zehn Sekunden mehr als der Streckenrekord.
Stoners nächster Verfolger war Valentino Rossi, der sich anscheinend mittlerweile mit seinen Bridgestones auch auf nässerem Geläuf angefreundet hat. Sieben Zehntel verlor der Italiener auf seinen Konkurrenten aus Australien. Probiert hatte er aber einiges, da er in der letzten Kurve einmal stürzte, sich dabei aber nicht verletzte. Die Spitze des Feldes war eine Bridgestone-Angelegenheit. Die ersten fünf Positionen waren fest in japanischer Reifenhand. Allerdings fanden sich dort nicht die üblichen Verdächtigen. Shinya Nakano lag auf drei und Anthony West nutzte seine Lieblingsbedingungen dazu, um mit seiner Kawasaki auf Position vier aufzutauchen. So weit vorne war der Australier schon lange nicht mehr zu sehen gewesen. Hinter ihm reihte sich noch sein Teamkollege John Hopkins auf fünf ein.
Bester Fahrer auf Michelins war Honda-Werksfahrer Nicky Hayden als Sechster. Er befand sich allerdings allein auf weiter Flur. Denn mit Loris Capirossi, Chris Vermeulen und Sylvain Guintoli folgten ihm weitere Piloten auf japanischem Gummi. Erst Randy de Puniet konnte auf Position zehn wieder einen Michelin dazwischen schieben. Jenseits der Top Ten fanden sich die zwei spanischen Helden der ersten Saisonrennen. Jorge Lorenzo erreichte mit rund 2,7 Sekunden Rückstand Position zwölf und Dani Pedrosa war mit mehr als vier Sekunden Rückstand lediglich 16. Hinter ihm fanden sich nur die zwei Tech 3 Yamahas, die dank des schlechten Wetters die denkbar ungünstigsten Bedingungen vorfanden, um ihre neuen Motoren auszuprobieren. James Toseland musste zudem noch die Strecke lernen.
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