Auch vor den 250ern machte in Assen der Regen im Qualifying nicht halt, weswegen dort, wie bei den 125ern, die Startreihenfolge vom Donnerstag unverändert blieb. Damit wird Jorge Lorenzo das Rennen am Samstag von der Pole Position in Angriff nehmen und neben ihm werden Andrea Dovizioso, Alvaro Bautista und Hiroshi Aoyama aus Reihe eins starten. Das Wetter sehr entgegen kam auch Thomas Lüthi - zumindest beim Startplatz. Denn der Schweizer rodelte gleich zu Beginn der Session von der Strecke und fuhr danach keine Rundenzeit mehr, konnte aber seinen sechsten Startplatz behalten.

Vor ihm wird in Reihe zwei noch Hector Barbera starten, hinter ihm werden Alex de Angelis und Marco Simnocelli stehen. Weniger Freude mit der nicht vorhandenen Gelegenheit zur Platzverbesserung dürften Mika Kallio und Julian Simon gehabt haben, die auf den Plätzen neun und zehn kleben blieben. Auch Shuhei Aoyama und Yuki Takahashi mussten sich mit Plätzen begnügen, die ihnen nicht gefallen dürften. Sie werden von den Rängen 14 und 15 starten. Dirk Heidolf blieb sein 22. Platz.

Blickt man auf die Zeiten aus der Regensession, dann ergibt sich allerdings ein etwas anderes Bild. Denn dort konnte Andrea Dovizioso die schnellste Runde fahren und lag dabei knapp zweieinhalb Zehntel vor Mika Kallio. Alex de Angelis war Dritter und Marco Simoncelli Vierter. Jorge Lorenzo fuhr gerade einmal sieben Runden und belegte in der Wertung des zweiten Qualifying den 17. Platz. Dirk Heidolf konnte hingegen zeigen, dass ihm ein Regenrennen ganz gelegen kommen dürfte. Der Kiefer-Pilot fuhr die zwölftbeste Zeit und lag damit beispielsweise auch vor Hector Barbera, der 14. wurde und 20 Runden gefahren hatte.