Obwohl alle Wettervorhersagen von einem verregneten Samstag in Le Mans sprachen, schien beim zweiten Qualifikationstraining der 125er-Klasse die Sonne. Das bot den Piloten die Möglichkeit, ihre am Freitag herausgefahrene Position in der Startaufstellung noch zu verbessern.

Am besten nutzte Pablo Nieto diese Gelegenheit, da er sich am Freitag gar nicht qualifiziert hatte, am Samstag dann aber auf Startplatz sieben vorstieß. Die Pole Position holte Mattia Pasini in der Zeit von 1:46.376. Hinter dem Italiener komplettieren Alvaro Bautista, Lukas Pesek und Gabor Talmacsi die erste Startreihe. Insgesamt gesehen waren die Hondas dieses Mal unerwartet stark in den Top Ten vertreten. Immerhin schafften es neben Talmacsi noch zwei weitere Fahrer unter die ersten Zehn.

Einer davon war Thomas Lüthi, der der seinen neunten Platz vom Freitag verteidigte. Sein Teamkollege Sandro Cortese fiel hingegen weit zurück. Am Freitag noch überraschend Fünfter muss der Deutsche nach dem samstäglichen Qualifying als 17. ins Rennen gehen. Stefan Bradl und Michael Ranseder werden den WM-Lauf von den Plätzen 23 und 27 in Angriff nehmen.