Nur eine Woche nach seinem ersten Saisonsieg zeigte sich der Italiener Loris Capirossi auch in Malaysia beflügelt: In einem hart umkämpften Qualifying sicherte sich der Italiener auf seiner Ducati die Pole Position vor Sete Gibernau und John Hopkins.

Auf Rang 4 platzierte sich Shinya Nakano als bester Kawasaki-Pilot vor Kenny Roberts, Nicky Hayden und WM-Leader Valentino Rossi. Die Top10 komplettierten Carlos Checa, Marco Melandri und Colin Edwards. Der Ersatzmann von Alex Hofmann, Olivier Jacque, landete am Ende auf dem 13. Rang.