Das Warm-Up der MotoGP in Estoril musste in zwei Teilen gefahren werden. Denn nach einem schweren Sturz von Ivan Silva rund neun Minuten vor dem Ende kamen die roten Flaggen heraus und es gab eine Unterbrechung. Silva wurde noch an der Unfallstelle versorgt und danach ins Medical Centre gebracht. Er schien bei Bewusstsein zu sein, war aber heftig auf die Strecke geknallt und von seinem Hinterreifen getroffen worden. Über mögliche Verletzungen war zunächst nichts zu erfahren.

Aus sportlicher Sicht stand das Aufwärm-Training ganz im Zeichen von Casey Stoner, der die deutliche Bestzeit fuhr. Mit seiner Runde in 1:36.795 Minuten war er nicht nur schneller als seine Pole Position Zeit, sondern lag auch rund acht Zehntelsekunden vor Dani Pedrosa auf Platz zwei. Andrea Dovizioso hatte als Dritter bereits rund neun Zehntel verloren, Jorge Lorenzo lag ähnlich weit zurück. Cal Crutchlow hatte als Fünfter ebenfalls noch weniger als eine Sekunde auf den Spitzenmann eingebüßt.

Für ein gutes Yamaha-Gesamtergebnis sorgte Ben Spies, der auf den sechsten Platz kam. Ducati musste sich wieder mit dem hinteren Bereich der Top-10 zufrieden geben. Nicky Hayden landete hinter Alvaro Bautista auf Platz acht, Valentino Rossi war fast zeitgleich Neunter. Beide Werksfahrer hatten rund 1,5 Sekunden auf Stoner eingebüßt. Stefan Bradl beendete das Warm-Up als Zehnter, hinter ihm folgten Hector Barbera und Karel Abraham als die beiden langsamsten Werks-Prototypen. Unter den CRTs hatte De Puniet als 13. die Nase vorne. Aleix Espargaro und Yonny Hernandez kamen noch unter die besten 15.