Hatte er am Freitag nur im Regen das Tempo vorgeben können, so konnte Casey Stoner am Samstagvormittag im Motorland Aragon auch im Trockenen eine gute Pace gehen. Der Australier in Diensten von Ducati legte mit 1:50.115 die Bestzeit vor, konnte sein Tempo konstant gehen und verdrängte Dani Pedrosa um mehr als drei Zehntelsekunden auf Platz zwei. Ducati hatte noch einen Grund, eine gute Session zu feiern, denn Nicky Hayden konnte mit einer schnellen Runde gegen Ende der Session auf Platz drei fahren. Dem Amerikaner fehlten 0,560 Sekunden auf die Zeit seines Teamkollegen.

Platz vier ging im dritten Training an Andrea Dovizioso, der Italiener verpasste die virtuelle erste Reihe um 49 Tausendstelsekunden. Einige Probleme schien die Yamaha-Mannschaft zu haben. So kam Jorge Lorenzo nicht über Platz fünf hinaus und musste sich über sechseinhalb Zehntelsekunden Rückstand wundern. Valentino Rossi erreichte gar nur den elften Platz und verlor 1,473 Sekunden auf Stoner. In die Top Ten hatten es neben den schnellsten Fünf noch Ben Spies, Randy de Puniet, Colin Edwards, Marco Simoncelli und Marco Melandri geschafft.

Eigentlich zunächst auch in den Top Ten gelistet war Aleix Espargaro, dem Spanier wurde seine beste Runde aber wieder aberkannt, weil er dabei abgekürzt hatte. Damit landete Espargaro auf Platz 15. Vor ihm hatten sich Hiroshi Aoyama, Hector Barbera und Alvaro Bautista auf den Rängen zwölf bis 14 platziert. Bautista musste allerdings einen Sturz hinnehmen, bei dem blieb er aber unverletzt. Der letzte Platz der Session ging an Mika Kallio.