Im Warm-up der 250cc-Klasse in Malaysia konnte sich Hector Barbera mit einer Runde in 2:07.383 Minuten die beste Zeit sichern. Direkt hinter dem Spanier landete Polesetter und WM-Spitzenreiter Hiroshi Aoyama - 91 Tausendstelsekunden betrug sein Rückstand. Ein kräftiges Lebenszeichen gab es von Marco Simoncelli. Nach Problemen in den Trainings und im Qualifying landete der Italiener mit drei Zehnteln Rückstand auf Rang drei. Mike Di Meglio, Alex Debon und Alvaro Bautista schlossen die Top Sechs ab.

Thomas Lüthi konnte nach seinem zufriedenstellenden Qualifying wieder in die Top Ten fahren. Der Schweizer wurde hinter Hector Faubel und Karel Abraham wie schon im Zeittraining Neunter. Jules Cluzel rundete die ersten Zehn ab. Shuhei Aoyama vom Racing Team Germany landete auf dem 16. Platz, Vladimir Leonov von Kiefer Racing erreichte die 21. Position.