Nach dem Qualifying der 250cc-Klasse in Sepang liegt der Vorteil im WM-Kampf zwischen Hiroshi Aoyama und Marco Simoncelli klar beim Japaner. Der Honda-Pilot fuhr einen neuen Pole Position Rekord und sicherte sich damit den ersten Startplatz für das Viertelliter-Rennen am Sonntag. Simoncelli konnte derweil nur den achten Platz herausfahren und verlor rund 1,1 Sekunden auf die 2:06.767 Aoyamas. Sollte das Rennen am Sonntag auch so ausgehen, wäre der Japaner vorzeitig Weltmeister.

Zusammen mit Aoyama aus der ersten Reihe starten werden Jules Cluzel, Mike di Meglio und Hector Barbera. Cluzel hatte als Zweitplatzierter bereits mehr als drei Zehntelsekunden Rückstand auf die Bestzeit, die Meglio fehlte beinahe eine halbe Sekunde und Barbera mehr als fünf Zehntelsekunden. Vor Simoncelli werden in der zweiten Reihe noch Alvaro Bautista, Ratthapark Wilairot und Hector Faubel Aufstellung nehmen.

Thomas Lüthi konnte sich den neunten Startplatz sichern, womit er sich die dritte Reihe mit Raffaele de Rosa, Alex Debon und Mattia Pasini teilen wird. Debon und Pasini hatten allerdings keine problemfreien Sessios. Der Spanier hatte kurz vor Ende des Qualifyings einen Defekt und der Italiener stürzte in den letzten Minuten. Ähnlich war es auch Lukas Pesek ergangen, der hinter Roberto Locatelli, Alex Baldolini, dem zu Beginn der Session gestürzten Karel Abraham und Shoya Tomizawa 17. wurde.

Shuhei Aoyama vom Racing Team Germany fuhr auf den 19. Startplatz. Vladimir Leonov von Kiefer Racing konnte den Sturz aus dem Vormittagstraining nicht ganz hinter sich lassen und qualifizierte sich auf dem 23. Platz. Sechs Sekunden fehlten dem Russen auf die Bestzeit.