Sollte das Rennen in Estoril halb nass und halb trocken sein, dann gab Casey Stoner am Sonntagmorgen eine Kostprobe davon ab, was er dann leisten kann. Denn bei diesen Mischbedingungen auf abtrocknender Strecke fuhr der Australier dem Rest des Feldes zeitweise um mehr als zwei Sekunden davon. Dass er am Ende nur mehr knapp vier Zehntel Vorsprung hatte, lag daran, dass die Strecke langsam aber sicher besser wurde. Allzu schnell war sie aber noch nicht denn, Stoners Bestzeit von 1:48.932 lag immer noch 11,5 Sekunden über dem Rundenrekord und mehr als 13 Sekunden über dem Pole-Rekord vom Samstag.
Engster Verfolger Stoners war Alex de Angelis und knapp drei Zehntel hinter dem Gresini Honda-Piloten fand sich Valentino Rossi auf Position drei. Regenspezialist Chris Vermeulen nutzte die halbnassen Bedingungen, um sich die viertbeste Zeit zu holen und auch Sylvain Guintoli konnte profitieren - er blieb auf knapp acht Zehntel an Stoner dran und war Fünfter.
Randy de Puniet, John Hopkins, Nicky Hayden, Loris Capirossi und Jorge Lorenzo platzierten sich auch noch in den Top Ten. Ihre Rückstände schwankten zwischen einer und rund 2,5 Sekunden. Ihre Probleme mit den Bedingungen hatten die Tech 3 Fahrer. Am Samstag noch gut unterwegs, mussten sie sich mit den Positionen 14 (Colin Edwards) und 17 (James Toseland) begnügen.
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