Für Toni Elias war es einer dieser Tage, an denen er lieber zuhause im Bett hätte liegen bleiben sollen. Der Spanier stürzte im Training so schwer, dass er sich einen Bruch des Oberschenkelknochens zuzog und für längere Zeit ausfallen wird. Die Konkurrenz nutzte derweil den Tag, um sich auf das Rennen am Samstag vorzubereiten. Die schnellste Zeit wurde jeweils vom Ducati-Piloten Casey Stoner gefahren. Mit 1:37.828 Minuten markierte der Australier die Tagesbestmarke.

"Für uns lief es am Nachmittag richtig gut, die Arbeiten am Motorrad verliefen positiv und am Ende der Session hatte ich ein gutes Gefühl. Es sieht so aus, als wenn wir schon den richtigen Reifen für das Rennen gefunden hätten", so Stoner über seinen ersten Werktag auf der Strecke in Assen. Hinter Randy de Puniet belegte der Weltmeister Nicky Hayden den dritten Rang, sein Rückstand auf die Spitze betrug nach zwei Trainingsstunden nur 0,286 Sekunden.

Nicht weniger schlecht verlief es für den in der Weltmeisterschaft auf dem zweiten Platz liegenden Valentin Rossi. Nach dem zweiten Rang im ersten Training belegte der Italiener auf seiner Yamaha, die mit einem neuen Design beklebt war, die vierte Position. Größer war der Rückfall bei Alex Hofman. Der Deutsche, am Vormittag noch auf Rang fünf platziert, fiel nach der Mittagspause bis auf die vierzehnte Position zurück und musste mit einem Rückstand von einer Sekunde leben.