Obwohl Jorge Lorenzo nur in den letzten zehn Minuten des dritten Freien Trainings zum USA-GP auf die Strecke fuhr, konnte er sich mit einer schnellsten Runde von 1:21.445 Minuten an der Spitze absetzen und kam dicht an seine Bestzeit vom Freitag heran. Sein Teamkollege Ben Spies wurde mit 0.823 Sekunden Rückstand Zweiter, Nicky Hayden belegte Rang drei, büßte aber 1.243 Sekunden auf den Mallorquiner ein. Dani Pedrosa und Casey Stoner waren gar nicht erst auf den feuchte Strecke raus gefahren.

Bei dichtem Nebel, feuchter Strecke und nur zwölf Grad begann der Samstag in Laguna Seca mit dem dritten Freien Training recht ruhig. Wildcard-Pilot Steve Rapp, Ivan Silva und James Ellison waren die Einzigen, die das Meiste aus den 45 Trainingsminuten herausholten und den widrigen Wetterbedingungen trotzten. Erst in den letzten zehn Minuten wagten sich dann fast alle Fahrer doch noch auf die Strecke, über der sich der Nebel nach und nach verzogen hatte.

Cal Crutchlow fuhr die viertschnellste Zeit, Valentino Rossi komplettierte im ausgedünnten Starterfeld die Top-5. Stefen Bradl folgte als Sechster, verlor unter den schlechten Bedingungen aber über zwei Sekunden auf Lorenzo. Alvaro Bautista folgte dem LCR-Piloten, Randy de Puniet, Aleix Espargaro und Karel Abraham folgten innerhalb der Top-10. "Die Sichtbarkeit ist gar nicht so schlecht, aber an einigen Stellen ist es etwas feucht. Es macht nicht viel Sinn jetzt zu fahren. Wenn es am Nachmittag genauso ist, müssen wir natürlich raus, aber im Moment ist es besser in der Box zu bleiben", erklärte Espargaro.

Yonny Hernandez landete mit 3.304 Sekunden Rückstand auf Position elf vor Mattia Pasini, Toni Elias und Danilo Petrucci. Colin Edwards sicherte sich den letzten Platz innerhalb der Top-15. Ellison folgte auf 16. Silva war in Kurve sechs kurzzeitig von der Strecke abgekommen und flog während seiner letzten Runde in der Corkscrew ab. Er wurde schließlich Siebzehnter vor Rapp und Michele Pirro. Andrea Dovizioso bildete nach nur einer gezeiteten Runde das Schlusslicht der Tabelle.