Das Warm-Up der 125cc-Klasse in Motegi war beinahe ein Spiegelbild der vier Sessions davor. Wieder waren es Nico Terol, Maverick Vinales und Johann Zarco, die das Bild an der Spitze bestimmten, Hector Faubel spielte eine etwas größere Nebenrolle. Diesmal ging die Bestzeit mit 1:59.365 Minuten an Terol, der damit 0,150 Sekunden vor Vinales, 0,211 Sekunden vor Zarco und 0,326 Sekunden vor Faubel lag.

Bereits mehr als sieben Zehntelsekunden auf Terol verloren hatte Alberto Moncayo auf Platz fünf. Luis Salom wurde Sechster und ihm folgte Jonas Folger, der mit einem Rückstand von 0,940 Sekunden als Letzter weniger als eine Sekunde auf die Bestzeit eingebüßt hatte. Sandro Cortese beendete das Aufwärm-Training hinter Adrian Martin und Danny Kent auf Platz zehn. Giulian Pedone begann den Sonntag in Japan mit Platz 25 und bei Marcel Schrötter lief es gar nicht rund, er kam lediglich auf Position 32.

Immerhin war es ihm damit aber besser ergangen als Wildcard-Fahrer Jun Ohnishi. Der Japaner kam zusammen mit seinem Landsmann Takehiro Yamamoto zu Sturz und wurde dabei anscheinend verletzt. Er brauchte schon im Kiesbett medizinische Hilfe und schien einige Schmerzen zu haben. Yamamoto konnte seine Session derweil fortsetzen.