Das Warm-Up der MotoGP in Motegi brachte eine Bestzeit von Jorge Lorenzo. Der Spanier fuhr in 1:45.888 Minuten an die Spitze und lag damit 0,197 Sekunden vor seinem WM-Herausforderer Dani Pedrosa, der Zweiter war. Auf dem dritten Platz landete Casey Stoner, der lediglich rund fünf Hundertstelsekunden langsamer als sein Teamkollege geblieben war. Weitere fünf Hundertstel dahinter war Alvaro Bautista Vierter, der Spanier beendete die Session allerdings stehend, da seine Maschine einen Defekt hatte.

Mit seinen Problemen war er übrigens nicht alleine, Lorenzo machte nach Ende des Trainings insgesamt vier Startversuche, wovon zwei misslangen, er einmal abwürgte und erst nach Starthilfe von Colin Edwards gelang der Probestart. Keine derartigen Probleme schien Stefan Bradl zu haben, der Fünfter wurde. Cal Crutchlow, Andrea Dovizioso und Nicky Hayden fuhren noch in die Top-8. Die letzten beiden Plätze in den Top-10 gingen an Valentino Rossi und Ben Spies.

Die Spitze bei den CRTs ging hinter Katsuyuki Nakasuga und Hector Barbera an Aleix Espargaro, der als 13. vor Karel Abraham auf der Ducati geblieben war. Randy de Puniet musste relativ wehrlos zusehen, wie sein Teamkollege schnellster CRT-Fahrer war, da er recht bald nach Session-Beginn stürzte und danach zusehen musste, wie seine Einser-Maschine Feuer fing. Ihm blieb am Ende Platz 15. Die restlichen Positionen dahinter ergaben folgende Reihenfolge: Colin Edwards, Yonny Hernandez, Michele Pirro, James Ellison, Ivan Silva, Danilo Petrucci und Roberto Rolfo.