Jonas Folger konnte im zweiten Moto3-Training auf Phillip Island Neu-Weltmeister Sandro Cortese die Bestzeit abnehmen. Nach langsamen Beginn wegen Regens in der Mittagspause legten die Rundenzeiten mit Fortdauer der Session immer mehr zu, bis Folger am Ende bei einer Zeit von 1:39.213 Minuten ankam, womit er 0,232 Sekunden schneller war, als sein Landsmann. Für ein dichtes Dreierpaket an der Spitze sorgte der wieder im Einsatz befindliche Maverick Vinales, der nur fünf Hundertstelsekunden langsamer als Cortese war. Vinales hatte das Rennen in Malaysia verpasst, da er sich von seinem Avintia-Team getrennt hatte - in Australien ist er nach einer kurzen Denkpause nun wieder für Avintia im Einsatz.

Relativ klar hinter den Top-3 lag Danny Kent. Dem Briten fehlten 0,833 Sekunden auf die Spitze und mehr als eine halbe Sekunde auf Vinales. Romano Fenati lag bereits mehr als eine Sekunde hinter Cortese, Zulfahmi Khairuddin, Jakub Kornfeil, Efren Vazquez, Alberto Moncayo und der zwischendurch gestürzte Louis Rossi hatten es noch in die Top-10 geschafft.

Beim Racing Team Germany hatte aber nicht nur Rossi Probleme, auch Toni Finsterbusch kam nicht ohne Schwierigkeiten durch die Session. Den Deutschen plagte ein Defekt, weswegen er nur zwei Runden zurücklegte und nur auf Platz 32 landete. Alex Marquez und Ricardo Moretti war es ähnlich gegangen. Marquez war zu Sturz gekommen und schien sich dabei an seiner linken Hand verletzt zu haben. Giulian Pedone und Luca Amato hatte es ohne Schwierigkeiten durch die Session geschafft und fuhren sich auf die Positionen 27 und 28.