Die Temperaturen in Misano näherten sich der 30-Grad-Grenze, als die 250er-Klasse am Samstag zu ihrem zweiten Training für den San Marino GP ausrückte. Ein Wetter, das Lokalmatador Mattia Pasini gut zu bekommen schien, fuhr er in 1:38.895 Minuten doch die Bestzeit der Session. Rund drei Zehntelsekunden hinter ihm fand sich Hector Barbera auf dem zweiten Rang.

Die großen Drei der WM folgten auf den Positionen drei bis fünf. Marco Simoncelli hielt mit fünf Zehnteln Rückstand auf Pasini den dritten Rang, im Abstand von 17 Tausendstelsekunden beziehungsweise einer Zehntelsekunde folgten Hiroshi Aoyama und Alvaro Bautista. Der Spanier bekam noch dazu Schützenhilfe von seinem Teamkollegen Mike di Meglio, der eine Sekunde hinter Pasini Sechster wurde.

Den Rest der Top Ten besetzten Raffaele de Rosa, Alex Debon, Roberto Locatelli und Hector Faubel. Thomas Lüthi belegte hinter Ratthapark Wilairot und Karel Abraham den 13. Rang. Abraham und der Franzose Jules Cluzel sorgten für die einzig kleinen Aufreger des Trainings. Cluzel musste einmal sehr großzügig durch den Auslauf, Abraham legte sich ganz auf den Hosenboden, was aber ohne Folgen blieb.