Auch wenn es kurzfristig etwas heller zu werden schien, machte der Regen am Sachsenring am Samstag auch im 250cc-Qualifying keine Ausnahme und wässerte die Strecke ein. Nicht davon beeindrucken ließ sich Marco Simoncelli, der mit Top-Zeit um Top-Zeit glänzte und am Ende mit einer Rundenzeit von 1:32.962 Minuten deutlich die Pole Position holte und damit fast so schnell war wie Valentino Rossi im MotoGP-Qualifying. Als Einziger mit dem Italiener halbwegs mithalten konnte Hector Barbera, der sich mit einer riskanten letzten Runde noch bis auf eineinhalb Zehntel an Simoncelli heranfuhr.

Die letzten beiden Plätze in Reihe eins wurden auch in den letzten Sekunden der Session bezogen. Alvaro Bautista schob sich noch auf Rang drei, von wo er Hiroshi Aoyama verdrängte, der wenige Sekunden vor ihm dort hingefahren war - beide fehlten allerdings rund 1,3 Sekunden auf die Bestzeit. Der Leidtragende der späten Steigerungen war Karel Abraham, der wieder einmal im Regen gut mitfuhr und lange vorne dran war. Er hatte allerdings technische Probleme und konnte am Ende nicht mehr mitmischen.

Wegen eines Sturzes nicht mehr mitmischen konnte am Ende Mattia Pasini, der letztendlich Sechster wurde und im sturzreichen Qualifying sogar zwei Mal gefallen war. Alex Debon und Hector Faubel schafften es ebenfalls noch in Reihe zwei. In der dritten Reihe wird am Sonntag Thomas Lüthi stehen, der seinen Sturz vom Morgen einigermaßen verdaut zu haben schien. Der Schweizer wurde Elfter, vor ihm qualifizierten sich Aleix Espargaro und der ebenfalls gestürzte Mike di Meglio. Alex Baldolini wird auch noch aus Reihe drei starten dürfen. Die Qualifikation für Sonntag verpasst hatten Axel Pons, Robin Halen, Joakim Stensmo und Marcel Becker.