Die 250er-Klasse hatte in ihrem zweiten Qualifying in Motegi redlich Mühe. Es war brütend heiß, weswegen die Piloten an den Boxen zu jedem Ventilator und Getränk griffen, das in Reichweite war und auch mit der Linienwahl klappte es nicht so ganz. Zahlreiche Piloten fanden sich neben der Strecke, darunter Alvaro Bautista, Hector Barbera, Alex de Angelis und Thomas Lüthi. Hiroshi Aoyama stürzte sogar, verletzte sich dabei aber anscheinend nicht. Um gute Rundenzeiten ging es bei der ganzen Schinderei aber auch, denn für den Sonntag wollte schließlich jeder in einer möglichst guten Ausgangsposition sein.

Bei der Jagd nach der Pole Position sorgte Shuhei Aoyama für eine Überraschung. Offensichtlich durch die heimischen Fans beflügelt, fuhr der Honda-Pilot an die Spitze und ließ damit auch das Aushängeschild des japanischen Werks, Andrea Dovizioso, hinter sich. Die Fans dankten es dem Lokalmatador mit Jubel von den Tribünen. Dovizioso musste sich wieder einmal mit Platz zwei begnügen. Jorge Lorenzo konnte die Probleme des Freitags etwas abschütteln und fuhr auf Platz drei. Hector Barbera sicherte sich als Vierter auch noch eine Position in der ersten Startreihe.

KTM konnte seine guten Plätze vom Freitag nicht verteidigen. Mika Kallio verbesserte seine Zeit nicht und fiel damit auf Platz fünf zurück. Hiroshi Aoyama wurde zwar etwas schneller, musste aber mit Rang sechs vorlieb nehmen. Julian Simon und Yuki Takahashi sorgten als Siebter und Achter für ein gutes Gesamtergebnis für Honda. Thomas Lüthi kam hinter Alex de Angelis auf Platz zehn. Damit lag er noch vor Alvaro Bautista, der sich im Vergleich zu Freitag auch nicht verbessern konnte und dadurch nur von Platz elf ins Rennen gehen wird.

Für das Deutsche Kiefer-Racing Team gab es die Ränge 18 und 20. Alex Baldolini und Dirk Heidolf konnten ihre Zeiten zwar etwas nach unten schrauben, der Abstand zur Spitze war aber dennoch groß. Baldolini fehlten als 18. Rund 3,6 Sekunden zur Spitze und Heidolf verlor rund 3,8 Sekunden. Zu Fabrizio Lai auf Platz 15 fehlten dem besser platzierten Baldolini rund fünf Zehntel. Ein Punkteplatz könnte am Sonntag also noch in Reichweite sein.