Zwar zog es ein klein wenig zu, während die 250er ihr zweites Qualifying in Brünn bestritten, aber es blieb trocken. Dadurch blieb in der provisorischen Startaufstellung kaum ein Stein auf dem anderen, da die Piloten von Beginn an schnellere Zeiten fuhren als am Vortag. Ohne vorzeitige Unterbrechung der Zeitenjagd war es Jorge Lorenzo, der sich die Pole Position sichern konnte - und das dank Pole-Rekord sogar recht deutlich. Sechseinhalb Zehntel betrug sein Vorsprung auf seinen Mentor Alex Debon. Der Abstand von Debon auf Andrea Dovizioso auf Platz drei war hingegen lediglich eine Hundertstel.

Alex de Angelis nutzte seine zweite Qualifying-Chance auch gut aus. Am Freitag hatte der Fahrer aus San Marino wegen eines Problems zu Beginn der Session und des Regens danach zunächst die 107-Prozent-Hürde verpasst. Diesmal schaffte er es als Vierter in die erste Reihe. Hector Barbera, der am Vormittag noch der Schnellste war, erreichte lediglich in der zweiten Reihe die Pole Position. Mit ihm stehen dort noch Yuki Takahashi, Julian Simon und Shuhei Aoyama. Für die KTMs reichte es nur für Reihe drei. Mika Kallio wurde Neunter und Hiroshi Aoyama kam auf Platz zehn.

Dirk Heidolf konnte seinen 13. Platz vom Freitag nicht halten. Der Pilot des Kiefer-Rennstalls fiel auf den 17. Platz zurück und war von Taro Sekiguchi auf Position 15 rund eine halbe Sekunde entfernt. Heidolfs Teamkollege Alex Baldolini erging es noch etwas schlechter. Er schaffte es nur auf den 23. Platz. Am schlechtesten erwischten es aber die Wildcard-Fahrer Ho Wan Chow, Jiri Mayer und Zhu Wang. Alle drei scheiterten an der 107-Prozent-Hürde und werden für den Sonntag wohl auch keine Sondergenehmigung der Rennkommissare für einen Start bekommen, da die äußeren Bedingungen in Ordnung und sie einfach nicht schnell genug waren.