Die Nacht von Freitag auf Samstag war mit dem Sachsenring nicht gnädig gewesen. Nachdem schon am Freitag das Wetter nicht mitgespielt hatte, regnete es wieder und dementsprechend unfreundlich präsentierte sich die Strecke am Samstagmorgen. Die 125cc-Piloten bekamen das in ihrem zweiten Training auch gleich zu spüren, denn sie kamen auf der teils noch feuchten Strecke nur langsam auf Tempo, wobei die Session im Vergleich zum zweiten Teil des Freitags noch angenehm war. Gegen Ende gingen die Zeiten dann noch fast bis auf das Niveau der trockenen Freitagsrunden herunter, auch wenn Bestzeithalter Julian Simon mit seiner Runde in 1:28.803 Minuten letztendlich rund zwei Zehntelsekunden langsamer war als in Training 1.

An der Spitze hatte der Spanier Gesellschaft seiner zwei Teamkollegen Sergio Gadea und Bradley Smith, die rund ein beziehungsweise zwei Zehntel auf Simon verloren hatten. KTM-Pilot Marc Marquez, der am Freitag noch Zweiter gewesen war, holte sich diesmal Trainingsrang vier. Sechseinhalb Zehntel lag er hinter Simon und ganze 14 Tausendstel vor Stefan Bradl, der sich Position fünf geholt hatte. Hinter Pol Espargaro, Nico Terol und Joan Olive hatte es Sandro Cortese auch noch in die Top Ten geschafft.

Randy Krummenacher war mit rund 1,5 Sekunden Rückstand auf Position zwölf gelandet und damit direkt vor Jonas Folger platziert, der rund eine Zehntel langsamer gewesen war als der Schweizer. Dominique Aegerter hatte sich auf Platz 17 gefahren und nur knapp hinter ihm wurde Wildcard-Pilot Marcel Schrötter 19. Michael Ranseder konnte im Vergleich zum Freitag zeitlich und positionstechnisch zulegen und landete auf Rang 21. Toni Finsterbusch beendete die Session auf Position 18, Danile Kartheininger wurde 31. und Damien Raemy 32.