Der Regen war vorhergesagt und er kam am Samstag auch nach Motegi. Doch als die 125er-Klasse an ihr zweites Training in Japan ging, war es nicht nur nass, sondern auch kalt, eine Kombination, die nicht gerade für schnelle Rundenzeiten, sondern eher für Stürze sorgt. Bei diesem netten Wettermix war es Julian Simon, der sich an die Spitze des Feldes setzte. Der Dominator der Winter-Testfahrten brauchte 2:15.037 Minuten für seinen schnellsten Umlauf und lag damit rund eine halbe Sekunde vor KTM-Pilot Marc Marquez, der am Samstagmorgen die zweitbeste Zeit ins Wasser pflügte.

Bereits auf Rang drei fand sich der bestplatzierte deutschsprachige Fahrer wieder. Das war aber nicht wie am Freitag Stefan Bradl, sondern Dominique Aegerter, der knapp sechs Zehntel auf Simon eingebüßt hatte. Hinter dem Schweizer folgte der Bestzeithalter des Freitags, Andrea Iannone. Der Italiener durfte allerdings bereits einen Rückstand von einer Sekunde auf die schnellste Zeit notieren. Neben Aegerter auch noch in die Top Ten gefahren waren Sandro Cortese und Bradl mit den Positionen fünf und acht. Zwischen die beiden hatten sich noch Danny Webb und Simone Corsi gefahren. Webb war eines der Sturzopfer des Morgens, blieb aber so wie Sergio Gadea unverletzt. Efren Vazquez und Tomoyoshi Koyama rundeten das Bild der schnellsten Zehn ab.

Knapp außerhalb dieser Gruppe fand sich Jonas Folger auf der elften Position wieder. Nicht weit hinter ihm hatte auch Randy Krummenacher noch einigermaßen Tuchfühlung auf die Top Ten. Der Landsmann von Aegerter hatte den 13. Rang erreicht. Damit lag er vor Leuten wie Bradley Smith (Kiesausflug und Platz 15.), Scott Redding (20.) oder Pol Espargaro (22.). Noch dahinter platzierte sich Michael Ranseder, der mit der Haojue im Regen zu kämpfen hatte. Rang 33 und 8,3 Sekunden Rückstand musste der Österreicher danach für die Session notieren - und einen Sturz, der aber ohne weitere Folgen blieb.