Die Temperaturen stiegen in Valencia und damit konnten die Zeiten am Samstagnachmittag nach unten gehen. Die Fahrer der 125er-Klasse praktizierten das auch gleich vorbildlich und der Schnellste ließ Alvaro Bautistas Pole-Rekord aus dem Jahr 2006 keine Chance. Der trug den Namen Gabor Talmacsi, wodurch sich der Ungar für die WM-Entscheidung einen leichten Vorteil vor Hector Faubel gesichert hat. Der Spanier wird allerdings nicht weit weg sein, denn er wird von Position zwei aus ins Rennen gehen. Auf seiner schnellsten Runde war Faubel aber um knapp vier Zehntel langsamer als Talmacsi.

Auch noch in die erste Reihe schafften es Sergio Gadea und Lukas Pesek, die bereits über sieben Zehntelsekunden auf die Bestzeit verloren. In Reihe zwei fuhren sich Pablo Nieto, Simone Corsi, Nicolas Terol und Mattia Pasini. Sandro Cortese konnte seinen guten sechsten Platz vom Freitag nicht halten und fiel trotz Zeitverbesserung auf Rang zehn hinter den vom Publikum umjubelten Pol Espargaro zurück. Stefan Bradl schaffte im Vergleich zum Freitag einen guten Sprung nach vorne und konnte mit Startplatz 14 immerhin elf Positionen gutmachen. Michael Ranseder und Randy Krummenacher erfuhren sich die Startplätze 16 und 17.

Ranseder hatte auch die Gelegenheit, den neuen Dainese-Airbag zu präsentieren. Denn der Österreicher rutschte ein paar Minuten vor Ende der Session von der Strecke, wobei der Schutzballon am Körper des Österreichers aufging. Vollkommen unverletzt richtete er sich wieder auf, streifte den mittlerweile zum Hindernis gewordenen Airbag ab und eilte Richtung Box zurück. Dort kam er aber nicht rechzeitig an, um noch eine schnelle Runde zu drehen. Er hatte allerdings mehr Glück als Joey Litjens, der schwerer stürzte und zunächst anscheinend verletzt liegen blieb. Sturzfrei durch den Nachmittag kam Dominique Aegerter. Der zweite Schweizer im Feld landete auch weitere vorne als am Freitag und wurde als 23. gewertet.