Der Regen hatte sich in der Nacht über Le Mans breit gemacht, weswegen die Teams und Piloten im letzten Aufwärmtraining vor dem Rennen zunächst auf eine nasse Strecke stießen. Mit Fortdauer der Session wurde es dann zusehends trockener und damit die Zeiten auch besser. Das nutzte die Mannschaft von Peugeot und Sebastien Bourdais am Steuer des 908 HDI aus, um noch einmal eine kleine Duftmarke zu setzen. Denn mit rund drei Sekunden Vorsprung auf den von Allan McNish pilotierten Audi R10 TDI holte der Franzose Bestzeit - die war allerdings knapp eine halbe Minute langsamer als im Qualifying.

Den dritten Platz konnte Marco Werner im zweiten Audi einfahren und Rang vier ging bereits mit rund neun Sekunden Rückstand an die Pescarolo Mannschaft, für die Emmanuel Collard unterwegs war. Dahinter folgte der dritte Audi mit Alexandre Premat am Steuer, der Dome von Jan Lammers, der Lola von Charouz Racing und der zweite Pescarolo. Der zweite Peugeot, bei dem diesmal Nicolas Minassian bei der besten Runde am Steuer saß, musste sich mit Rang acht begnügen.

In der LMP2-Klasse war Michael Vergers im Lola mit dem Zytek Chassis des Barazi Epsilon Teams am schnellsten. Tommy Erdos im Lola von der RML Mannschaft kam auf Rang zwei und das zweite Fahrzeug von Barazi Epsilon wurde Dritter. In der GT1 Klasse konnte sich Corvette gegen Aston Martin durchsetzen. Oliver Gavin holte die schnellste Zeit in dieser Klasse vor Tomas Enge. In der GT2 war der Porsche des Imsa Teams am besten unterwegs, vor einem weiteren Porsche - dieser gehörte zur Mannschaft von Flying Lizard Motorsport.