Wie schon so oft hat die Nacht in Le Mans einige Opfer gefordert. So musste einer der beiden Pescarolo Judd seine Hoffnungen auf einen Podiumsplatz begraben, nachdem der von Nicolas Minassian, Emmanuel Collard Erik Comas gesteuerte Wagen mit der Nummer 16 Elektronikprobleme hatte und 1,5 Stunden verlor. Auch der zweite Pescarolo hatte kurz einige Schwierigkeiten, aber der Ausritt von Franck Montagny blieb ohne Konsequenzen.
Der In Führung liegende Audi von Frank Biela, Marco Werner und Emanuele Pirro kam auch nicht Problemfrei durch die Nacht. In der elften Stunde des Rennens musste Pirro mit Getriebeproblemen an die Box kommen. Während des Getriebewechsels verlor der Audi mit der Nummer acht etwa zweieinhalb Runden, hatte aber immer noch eineinhalb Runden Vorsprung auf den Pescarolo-Wagen.
Für den Audi von Rekordsieger Tom Kristensen, Allan McNish und Rinaldo Capello setzten sich die Widrigkeiten in der Nacht fort. Nach dem Problem mit der Einspritzung am frühen Abend kollidierte der Dieselwagen mit der Nummer sieben mit einem GT1-Auto. Welcher Wagen es genau war, konnte niemand feststellen, allerdings kam zur etwa selben Zeit der Ferrari 550 vom Team Convers Menx für Reparaturen an die Boxen. Beim Audi selbst musste das Gabelbein hinten links gewechselt werden.
Doch trotz des mittlerweile großen Rückstands blieb der zweite Audi immer noch in Reichweite des Podiums, da das zwischenzeitlich drittplatzierte Racing for Holland Team mit ihrem Judd ausschieden. In der 13. Rennstunde blieb Alex Yoong das Gas stecken und er flog von der Strecke. Nachdem dabei beide Lenkstangen brachen, konnte sich der Malaysier auch nicht mehr zurück an die Boxen kämpfen.
Insgesamt hat sich das Feld in den Nachtstunden sehr gelichtet. Von den 50 gestarteten Wägen waren am Morgen noch 38 übrig. Allerdings nur bis der Peugeot vom Team Welter Gerard mit der Nummer 30 Feuer fing und ebenfalls aus dem Rennen war.
Zudem musste auch noch der Audi von Allan McNish noch einmal an die Box, konnte nach einem etwas längeren Aufenthalt aber wieder an dritter Stelle auf die Strecke zurückkehren.
Daher stellte sich das Bild auf der Strecke rund achteinhalb Stunden vor Rennende folgendermaßen dar. In Führung der Audi mit der Nummer acht, drei Runden vor dem Pescarolo Judd mit Franck Montagny, Sebastien Loeb und Eric Helary. Den letzten Podiumsplatz peilte trotz aller Probleme nach wie vor der zweite Audi an. Zum zweiten Platz fehlten dem Auto mit der Nummer sieben zehn Runden.
Bei den Fahrzeugen der GT1 hatte der Werks-Aston Martin das Duell mit der Werks-Corvette einstweilen für sich entschieden. Bei nur einer Runde Vorsprung war dabei aber noch vieles möglich. Beeindruckend war, dass diese beiden Fahrzeuge auf den Rängen vier und fünf im Gesamtklassement unterwegs waren.
Die 2er Prototypen wurden souverän vom Lola des RML-Teams angeführt. Der Wagen war auf dem sechsten Gesamtrang unterwegs und hatte auf den nächsten Konkurrenten in seiner Klasse zehn Runden Vorsprung.
In der GT2-Klasse führte der Porsche von Seikel Motorsports und hatte acht Runden Guthaben auf den Porsche des Team Taisan Advan.
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