Auch der zweite Lauf in Brünn geriet zum totalen Triumph für BMW. Dieses Mal war es Jörg Müller, der am Ende ganz oben auf dem Treppchen stand. Auf den Plätzen folgte sein Teamkollege Augusto Farfus. Felix Porteiro auf Platz drei machte den totalen BMW-Triumph perfekt. Die Dominanz der Münchner Autos war umso beeindruckender, da der beste BMW aufgrund der umgekehrten Startreihenfolge im zweiten Rennen erst von Startplatz fünf ins Rennen ging.

Vom Start weg waren die BMW's auf dem Vormarsch. Dabei kam den BMW-Fahrern noch zu Gute, dass sie nur drei statt vier Autos vor sich hatten, da Yvan Muller mit Getriebeschaden passen musste. Alex Zanardi war nach einigen Kurven schon Dritter, dicht gefolgt von Farfus. Allerdings hatte Zanardi schon vor dem Start eine Stopp-and-Go-Strafe aufgebrummt bekommen. Seine Mechaniker waren vor dem Start wohl zu lange am Auto geblieben.

In der zweiten Runde waren die Chancen auf eine gute Platzierung für den Italiener endgültig hinüber. Beim Überholen rammte er sehr unsanft Menu von der Strecke. Diese Ruppigkeit blieb jedoch nicht unbestraft. Denn Zanardi zog sich dabei einen Reifenschaden zu.

So war schon nach drei Runden Gabriele Tarquini an der Spitze der Einzige, der die Seat-Fahne hochhielt. Von hinten drängten aber schon die Schnitzer-Teamkollegen Robert Farfus und Jörg Müller. Farfus hielt deren Druck nicht lange stand und ließ schon kurze Zeit später beide BMW-Piloten kampflos passieren. Zwei Runden danach wurde Tarquini auch noch von Porteiro geschluckt.

In der Folge trieben Farfus und Müller ihrem Teamchef Charly Lahm einige Sorgenfalten ins Gesicht. Denn sie lieferten sich für einige Runden einen erbitterten Kampf um die Spitze, bei dem es einige Male fast zum Lackaustausch gekommen wäre. In der fünften Runde zwängte sich Müller dennoch an Farfus vorbei. "Wenn man sich so gut versteht wie wir, dann kämpft man sauber und fair auf der Strecke", sagte Müller nachher. "Diesmal hatte ich das bessere Ende für mich, das nächste Mal kann es wieder ganz anders aussehen."

Nachdem Müller die Führung übernommen hatte, war das Rennen an der Spitze praktisch entschieden. Auf den hinteren Plätzen blieb es allerdings interessant. Besonders die Aufholjagd von Andy Priaulx sorgte für reichlich Spannung. Durch seinen Ausfall im ersten Rennen musste Priaulx von ganz hinten starten. Nach fünf Runden hatte er sich jedoch schon auf Platz neun vorgearbeitet und saß den beiden Seats von Monteiro und Gene im Heck. Drei Runden vor Schluss behinderten sich die Seat-Piloten dann gegenseitig, Priaulx sagte Danke und konnte sich von Platz neun auf sieben verbessern.

Damit konnte sich auch er noch ein paar wichtige Punkte im Kampf um die Titelverteidigung seines Weltmeistertitels holen. In der Gesamtwertung führt nach zehn Läufen Farfus mit 53 Punkten. Vier Zähler dahinter liegt Jörg Müller. Andy Priaulx folgt mit 44 Punkten auf Platz drei.