Besser aber nicht perfekt waren die Bedingungen, auf die das Feld der 125er-Klasse am Samstagmorgen traf. Es regnete nicht, aber die Wolken hingen drohend über Mugello. Auf der Strecke gab es noch ein paar feuchte Stellen, da es in der Nacht noch ein wenig Niederschlag gegeben hatte, doch mit Fortdauer des Trainings wurde der Boden trockener und es ging schneller. Auch bei diesen Bedingungen konnte Pol Espargaro überzeugen. Der Spanier war bereits am Freitag in beiden verregneten Sessions ganz vorne gelegen.

Lediglich 16 Tausendstel hinter Espargaro reihte sich Mike di Meglio als Zweiter ein und auf Rang drei folgte die nette deutschsprachige Samstagmorgen-Überraschung in Person von Sandro Cortese. Rund eine Zehntel hatte ihm auf die Bestzeit gefehlt und damit hatte er gezeigt, dass für seine Fahrt zu Rang fünf im ersten Qualifying nicht nur der Regen verantwortlich war. Ebenfalls wieder gut unterwegs war Andrea Iannone, der sich vor Sergio Gadea und Gabor Talmacsi Rang vier sicherte. Auch noch in die Top Ten gefahren waren Joan Olive, Bradley Smith, KTM-Pilot Raffaele de Rosa und Nicolas Terol.

Die übrigen deutschsprachigen Vertreter schlugen sich bei den besseren Bedingungen meist respektabel. So war Stefan Bradl diesmal auf Rang zwölf zu finden, nachdem er am Freitag noch mit Position 20 gehadert hatte. Randy Krummenacher büßte mit Platz 14 im Vergleich zum ersten Qualifying zwar einen Rang ein, zeigte aber, dass es auch im Trockenen aufwärts geht. Michael Ranseder und Dominique Aegerter trafen sich auf den Plätzen 21 und 22. Lediglich für Robin Lässer lief es gar nicht nach Wunsch. Der Aprilia-Pilot kam nicht auf Tempo, stürzte und beendete das Training auf dem 39. und letzten Platz.