Wie von vielen Fahrern befürchtet, präsentierte sich Brünn am Sonntagmorgen verregnet und die Strecke war nass, als die Moto3 zu ihrem Warm-Up ausrückte. Jonas Folger zeigte sich davon unbeeindruckt und fuhr mit seiner Kalex-KTM in 2:22.464 Minuten zur Bestzeit. Damit hatte der Deutsche 0,488 Sekunden Vorsprung auf Zulfahmi Khairuddin auf Platz zwei. Adrian Martin, Sandro Cortese, Danny Kent und Hector Faubel konnten ihren Rückstand noch unter einer Sekunde halten.

Lokalmadator Miroslav Popov auf Rang sechs hatte dann bereits 1,429 Sekunden auf Folger verloren. Efren Vazquez, Jasper Iwema und Alberto Moncayo rundeten die Top-10 ab. Corteses WM-Herausforderer Maverick Vinales musste sich mit Platz 14 zufrieden geben, Luca Grünwald war als 18. nicht weit von dem Spanier weg - beide lagen rund drei Sekunden hinter der Spitze. Toni Finsterbusch belegte den 27. Rang, Giulian Pedone wurde direkt hinter Romano Fenati 31. Nach Stürzen an den vergangenen Tagen nicht dabei waren Riccardo Moretti, Isaac Vinales und Alan Techer.