Am Donnerstag fuhren sich die MotoGP-Piloten noch den Rost aus den Maschinen, am Freitag legten sie richtig los: bereits am zweiten Testtag des neuen Jahres fuhr Casey Stoner mit seiner Ducati eine schnellere Zeit als die letztjährige Pole Position auf dem Sepang International Circuit. In 2:01.483 Minuten war er fast ein Zehntel schneller als Dani Pedrosa bei seiner Pole-Runde 2008. Entsprechend reihte sich der Australier ganz vorne in der Zeitenliste ein, obwohl er in Folge seines Fitnessrückstands die wenigsten Runden (22) aller Fahrer absolvierte.

Hinter Stoner bestätigte Loris Capirossi den guten Eindruck vom ersten Testtag und klemmte sich mit nur 0,072 Sekunden Rückstand auf den zweiten Platz der Zeitentabelle. Position 3 ging an Valentino Rossi, der nach seinem Sturz auf seinen heimischen Glastisch unter Schwellungen an Hand und Fuß litt. Trotzdem drehte der Italiener tapfer seine Runden und verbesserte seine Zeit um sieben Zehntel.

Die Top-4 komplettierte Dani Pedrosa, womit alle vier MotoGP-Hersteller unter den ersten Vier anzutreffen waren. Dahinter rangierten sich Chris Vermeulen, Toni Elias, Colin Edwards und Andrea Dovizioso ein. Wie am Donnerstag waren alle 17 MotoGP-Piloten im Einsatz. Am fleißigsten war Scot Racing-Neuling Yuki Takahashi, der 66 Umläufe drehte.

1. Casey Stoner 2:1.483
2. Loris Capirossi 2:01.555
3. Valentino Rossi 2:01.626
4. Dani Pedrosa 2:01.860
5. Chris Vermeulen 2:02.086
6. Toni Elias 2:02.232
7. Colin Edwards 2:02.241
8. Andrea Dovizioso 2:02.434
9. Nicky Hayden 2:03.034
10. Jorge Lorenzo 2:03.056
11. Sete Gibernau 2:03.308
12. Alex de Angelis 2:03.518
13. Mika Kallio 2:03.774
14. Niccolo Canepa 2:04.021
15. 'Bike #T' Yamaha 2:04.312
16. Yuki Takahashi 2:04.332
17. Randy de Puniet 2:04.507
18. 'Bike #O' Yamaha 2:04.536
19. James Toseland 2:04.597