Das zweite Qualifying in Misano brachte nicht viele Fahrer auf die Strecke, da die Bedingungen sehr schwierig waren. Regen vor der Superpole der Superbikes machte das Fahren zu einer Rutschpartie, weshalb von vornherein keine Zeitverbesserungen möglich waren. Damit stand schon vor dem Durchgang fest, dass Sam Lowes mit seiner Honda die Pole Position in Misano inne hat. Hinter ihm machte sich Chaz Davies breit vor David Salom und Broc Parkes, der die erste Reihe komplettierte.

Fabien Foret blieb mit seiner Honda auch in der Box und auch auf dem fünften Platz. Der Wildcard-Pilot Ilario Dionisi traute sich auf die Strecke, fuhr aber 26 Sekunden langsamer als auf trockener Strecke. Dahinter blieben Robbin Harms Siebter, Florian Marino Achter, Massimo Roccoli Neunter und James Ellison blieb auf Grund des Wetters auf der zehnten Position.

Ergebnisse, Misano, QT2, WSS:

1 S. LOWES GBR Honda CBR600RR 1:39.541
2 C. DAVIES GBR Yamaha YZF R6 1:39.618 +0.077
3 D. SALOM ESP Kawasaki ZX-6R 1:39.795 +0.254
4 B. PARKES AUS Kawasaki ZX-6R 1:39.897 +0.356
5 F. FORET FRA Honda CBR600RR 1:40.133 +0.592
6 I. DIONISI ITA Honda CBR600RR 1:40.141 +0.600
7 R. HARMS DEN Honda CBR600RR 1:40.454 +0.913
8 F. MARINO FRA Honda CBR600RR 1:40.467 +0.926
9 M. ROCCOLI ITA Kawasaki ZX-6R 1:40.639 +1.098
10 J. ELLISON GBR Honda CBR600RR 1:40.743 +1.202
11 R. TAMBURINI ITA Yamaha YZF R6 1:40.980 +1.439
12 M. GIANSANTI ITA Kawasaki ZX-6R 1:40.989 +1.448
13 A. VELINI ITA Honda CBR600RR 1:41.013 +1.472
14 S. CRUCIANI ITA Kawasaki ZX-6R 1:41.281 +1.740
15 V. IVANOV UKR Honda CBR600RR 1:41.340 +1.799
16 G. REA GBR Honda CBR600RR 1:41.377 +1.836
17 D. DELL'OMO ITA Triumph Daytona 675 1:41.402 +1.861
18 P. SZKOPEK POL Honda CBR600RR 1:41.445 +1.904
19 V. IANNUZZO ITA Kawasaki ZX-6R 1:41.567 +2.026
20 V. LEONOV RUS Yamaha YZF R6 1:41.679 +2.138
21 M. PRAIA POR Honda CBR600RR 1:41.730 +2.189
22 A. LUNDH SWE Honda CBR600RR 1:41.765 +2.224
23 O. JEZEK CZE Honda CBR600RR 1:41.885 +2.344
24 I. TOTH HUN Toth Honda CBR600RR 1:41.930 +2.389
25 L. MARCONI ITA Yamaha YZF R6 1:42.275 +2.734
26 I. VIGILUCCI ITA Yamaha YZF R6 1:42.543 +3.002
27 W. MARCONI ITA Yamaha YZF R6 1:42.765 +3.224
28 B. NEMETH HUN Honda CBR600RR 1:42.874 +3.333
29 R. STAMM SUI CBR600RR 1:42.933 +3.392
30 R. QUARMBY RSA Triumph Daytona 675 1:43.047 +3.506
31 M. JERMAN SLO Triumph Daytona 675 1:43.669 +4.128
32 G. ROVELLI ITA Yamaha YZF R6 1:44.333 +4.792
33 M. PIROTTA AUS Honda CBR600RR 1:44.525 +4.984
34 Y. POLZER AUT Yamaha YZF R6 1:45.443 +5.902
35 V. YURCHENKO RUS Yamaha YZF R6 1:46.045 +6.504
36 E. BLOKHIN RUS Yamaha YZF R6 1:46.114 +6.573
37 O. POZDNEEV RUS Yamaha YZF R6 1:46.149 +6.608