In der kleinsten Klasse holte sich Nico Terol die Pole Position für den GP der Tschechischen Republik in Brünn. Der Spanier setzte sich mit einer Zeit von 2:08.118 Minuten die beste Startposition vor Johann Zarco, der 0,385 Sekunden auf den Führenden der Meisterschaft verlor. Sandro Cortese konnte sich gegen Ende der Session noch steigern und kletterte auf den dritten Platz nach oben. Er lag lediglich 0,135 Sekunden hinter dem Franzosen vor ihm.

Terols Teamkollege Hector Faubel kam auf den vierten Platz und führt damit die zweite Reihe an. Luis Salom lag schon eine Sekunde hinter Terol, doch selbst dies reichte für den fünften Platz. Neben ihm komplettierte Efren Vazquez die zweite Reihe. Danny Kent holte mit dem siebenten Platz seinen besten Startplatz für ein GP-Rennen. Er ließ Alberto Moncayo und Maverick Vinales hinter sich. Vinales stürzte fünf Minuten vor dem Ende und musste sich deshalb die heiße Phase der Qualifikation vom Streckenrand ansehen. Simone Grotzkyj konnte daraus keinen Vorteil ziehen und reihte sich auf dem zehnten Platz ein.

Marcel Schrötter hatte mit Problemen zu kämpfen, denn der Deutsche konnte nicht an seine Leistungen aus den freien Trainings anknüpfen und kam nur auf den 23. Platz. Drei Ränge dahinter landete der Wildcard-Pilot Luca Grünwald. Der amtierende Meister der IDM musste in den letzten Minuten ebenfalls zu Boden. In Turn zwei machte er unangenehme Bekanntschaft mit dem tschechischen Asphalt, blieb aber unverletzt.