Das 250er-Rennen in Motegi war ein spannender Zweikampf, aber nicht der erwartete Zweikampf. Denn statt des Duells Marco Simoncelli gegen Alvaro Bautista durften die japanischen Fans genießen, wie ihr Landsmann Hiroshi Aoyama mit Bautista um den Sieg stritt und sich am Ende geschlagen geben musste. Der Spanier nutzte damit eine große Chance, um sich einen Vorteil gegenüber Simoncelli im WM-Kampf zu erarbeiten.
Denn der Italiener zeigte zu Rennbeginn, dass er ungeachtet seines angeschlagenen Handgelenks bereits wieder sehr schnell fahren kann. Er fuhr zunächst vorne auf und davon, musste dann allerdings etwas nachlassen. Als er beinahe wieder eingeholt war, fuhr Simoncelli schließlich etwas zu hart über einen Kerb, wobei er sich seinen Vorderreifen beschädigte. Zwar kam er mit dem Plattfuß an die Box und ließ den Reifen wechseln, doch das dauerte und als er wieder losfuhr lag er zwei Runden zurück und damit weit entfernt der Punkte.
Damit blieb das Duell zwischen Aoyama und Bautista, die beide einiges an Risiko nahmen. Aoyama konnte vor der ersten Unterführung einmal einen Highsider gerade so vermeiden, wobei die Kurve ohnehin eine Gefahrenstelle war, da dort nach wie vor Wasser vom Gras auf die Strecke kam, während es sonst überall trocken war. Axel Pons erwischte es dort ebenso mit einem Highsider wie Mike di Meglio, der zum Zeitpunkt seines Ausfalls um Platz vier kämpfte.
Mit dem Kampf an der Spitze hatte WM-Leader Hector Barbera nichts zu tun. Der Spanier war kurz nach dem Start in einer Kurve nach außen gedrückt worden und war schließlich auf Position 20 zu finden. Letztendlich stritt er sich mit Raffaele de Rosa, der wegen einer Durchfahrtsstrafe für einen Frühstart so weit hinten fuhr. Barbera setzte sich dort schließlich durch und konnte Platz elf nach Hause fahren. Der WM-Zweite nach dem Rennen in Katar, Jules Cluzel, schied gleich ganz aus.
An der Front übernahm Bautista fünf Runden vor Schluss die Spitze und konnte Aoyama danach enteilen. Dahinter konnte Mattia Pasini den dritten Platz auf dem Podest sicher nach Hause fahren und Gabor Talmacsi zeigte als Vierter, dass er nicht nur im Training vorne auftauchen kann. Platz fünf schien eigentlich eine sichere Angelegenheit für Ratthapark Wilairot zu sein, doch der Thailänder hatte wenige Runden vor Schluss einen schlimmen Sturz und musste mit dem Krankenwagen ins Medical Centre gebracht werden. Dadurch erbte Alex Debon den fünften Platz.
Die größte Überraschung des Rennens war Shuhei Aoyama, der als Wildcard mit einer recht alten Honda an den Start ging und den sechsten Platz nach Hause fuhr. Die Top Ten rundeten Lukas Pesek, Thomas Lüthi, Karel Abraham und Shoya Tomizawa ab. Simoncelli kam als 17. ins Ziel.
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