In Katar hatte sich Marco Simoncelli wegen seines verletzten Handgelenks noch vorzeitig aus dem Wochenende zurückgezogen. Zu riskant sei es und er liege zu weit zurück, meinte er damals. In Motegi sieht es nun völlig anders aus. Nur knapp drei Wochen nach seinem Kahnbeinbruch wies der Weltmeister im Freitagstraining gleich einmal alle in ihre Schranken. Rund sechs Zehntelsekunden hatte der Italiener am Ende Vorsprung auf seinen schnellsten Verfolger Hiroshi Aoyama. Noch dazu hatte es der Gilera-Pilot geschafft, viele Runden zu fahren und konstant schnell zu sein.

Simoncellis härtester Konkurrent während der Session war Mattia Pasini, der bis wenige Minuten vor Ende immer wieder zeitlich gegen die starken Runden seines Landsmannes ankam. Doch der Italiener stürzte kurz vor Ablauf der Session-Uhr und konnte nicht mehr eingreifen, weswegen er auf Position vier landete. Vor ihn geschoben hatte sich neben Aoyama noch Alvaro Bautista, der allerdings viel Arbeit hatte, um nach vorne zu rücken. Siebeneinhalb beziehungsweise achteinhalb Zehntel fehlten den Pasini und Bautista.

Katar-Sieger Hector Barbera musste als Fünfter bereits auf einen Rückstand von 1,4 Sekunden blicken, was für ihn doch eine kleine Ernüchterung gewesen sein dürfte. Raffaele de Rosa, Gabor Talmacsi, Mike di Meglio, Roberto Locatelli und Alex Debon hatten sich auch noch in die Top ten gefahren. Schwierig war der Freitagnachmittag (Ortszeit) für Thomas Lüthi. Der Schweizer kam nicht ganz auf Tempo und lag schließlich auf Position 13. Kiefer-Racing-Pilot Vladimir Leonov musste gleich nach den ersten Trainingsminuten in den Kies, konnte am Ende aber noch einige Runden drehen. Über Rang 22 kam er aber nicht hinaus.