Jorge Lorenzo mag am Samstag die Pole Position in Sepang geholt haben, am Sonntagmorgen schlug Dani Pedrosa im Warm-Up aber zurück und holte sich in 2:01.551 Minuten die Bestzeit. Zusätzlich gefallen haben dürfte dem Honda-Werksfahrer, dass sein Teamkollege Casey Stoner mit 0,218 Sekunden Rückstand Zweiter war und Jorge Lorenzo erst auf dem dritten Rang folgte - und dann beim Probestart nach Session-Ende die Maschine abwürgte. Auf der anderen Seite waren diese Drei aber in einer eigenen Welt unterwegs, denn Andrea Dovizioso hatte nach einem kleinen Sturz als Vierter bereits rund neun Zehntelsekunden auf die Spitze eingebüßt.

Cal Crutchlow schaffte es auch noch, seinen Rückstand unter einer Sekunde zu halten, Alvaro Bautista war das als Sechstschnellstem nicht mehr gelungen. Ben Spies, Valentino Rossi, Stefan Bradl und Hector Barbera belegten die letzten Plätze in den Top-10. Hinter Nicky Hayden und Karel Abraham war Aleix Espargaro als 13. der schnellste CRT-Pilot. Michele Pirro und Randy de Puniet lagen noch in den Top-15, die letzten Plätze ergaben die Reihenfolge Colin Edwards, Roberto Rolfo, James Ellison, Ivan Silva und Danilo Petrucci.