Den MotoGP-Piloten erging es im Warm-Up nicht viel besser als ihren Moto2-Vorgängern. Auch sie mussten sich zunächst an die nasse, kalte Strecke und den Dauerregen gewöhnen. Casey Stoner versuchte es gleich nach wenigen Runden mit einer anderen Abstimmung auf dem Ersatzmotorrad. Trotzdem gelang ihm nach den 20 Minuten unter schwierigsten Bedingungen mit 2:19.071 Minuten die schnellste Rundenzeit.

Jorge Lorenzo reihte sich mit 0,428 Sekunden Rückstand hinter ihm ein. Marco Simoncelli, der gegen Mitte der Session ein wenig von der Strecke abgekommen war, landete auf dem dritten Rang. Ben Spies und Andrea Dovizioso komplettierten die Top-5.

Alvaro Bautista folgte an sechster Position, vor Karel Abraham und Valentino Rossi. Der Italiener hatte im Regen einen Aufwärtstrend verzeichnet, beförderte seine Desmosedici jedoch in der letzten Runde in den Kies, nachdem ihm auf der nassen Strecke das Vorderrad eingeklappt war. Teamkollege Nicky Hayden und Toni Elias zählten zu den Top-10. Hector Barbera fuhr die elftschnellste Zeit und lag damit vor Colin Edwards, Loris Capirossi und Hiroshi Aoyama. Randy de Puniet war in Turn 16 auf dem rutschigen Asphalt übers Vorderrad weggerutscht und bildete das Schlusslicht.